For ikke å forveksle Lindesnes med Skagen fyr på danskekysten, ble det vedtatt å la Lindesnes fyr bestå av to fyr; Lindesnes og Markøy. Den 1.2.1725 ble to identiske fyr tent. Markøy fyr ble nedlagt i 1844. På denne tiden ble Lindesnes fyr utbygd med ny glasslinse. I 1782 overtok staten ansvaret for Lindesnes og Markøy fyr. Da ble det opprettet en stilling som kongelig fyrinspektør. Inspektørboligen lå på Selhovden på Østre Seløy. Det går ennå historier om den kongelige fyrinspektør Jacob Baden. Det ble meldt om uregelmessigheter ved fyrdriften rett som det var. Assistentene på Neset og Markøy slumret i kullrøyken, og Baden foreslo for sine sjefer at han måtte få en kanon. Med den skulle han vekke fyrvokterne. Det sies at kanon fikk han, og at merker etter den kan visstnok fremdeles ses på Selørhovden. Markøy har et rikt fugleliv og øya er fuglereservat. I hekkesesongen (15. april til 15. juli) er det forbudt å gå i land på Markøy.

Markøy Fyr er også beskrevet på sidene til Norsk Fyrhistorisk Forening.